以下監測措施適用於各類海上工程，有多種方式可交替或重疊採用：
｜鯨豚觀察員｜
為避免人為噪音對海洋生態造成的衝擊，「海洋哺乳類觀察員（MMO, Marine Mammal Observer）」是國際上減輕海洋生態衝擊經常採用的方法之一，藉由觀察員在施工現場或周圍即時監看海洋動物的活動並預警，提供開發單位減輕措施的建議，避免海洋動物誤入噪音衝擊區（警戒區），造成傷害。
在台灣周邊海域的海洋哺乳類動物以鯨豚為主，故以「台灣鯨豚觀察員（TCO, Taiwan Cetacean Observer）」為名。
｜被動聲學監測｜
被動聲學檢測是利用水下麥克風、聲學紀錄器及分析軟體在警戒區即時監測鯨豚活動，利用收錄到的聲音判斷有無鯨豚誤入警戒區，尤其在海況差造成視線不佳或夜間時，若偵測到鯨豚聲音，也可加強鯨豚觀察員的作業效果。
｜聲學驅離裝置｜
聲學驅離裝置用在海上工程或探測作業產生傷害鯨豚的水下噪音前，先以水下喇叭撥放高頻噪音，讓鯨豚聽到可以先游離警戒區，此裝置操作須配合鯨豚聽力閾值，不宜傷害到鯨豚聽力較敏感或脆弱的頻率範圍，在音量控制上，亦不得逾鯨豚的永久性聽力損失閾值。
此裝置通常配合鯨豚觀察員作業及被動聲學檢測，得以確保鯨豚沒有在警戒區內，再繼續施工或檢測作業。
｜水下噪音監測作業｜
在海上工程進行時，應監測警戒區外圍的水下噪音值，控管於管制閾值內，規劃時，可在警戒區邊界處或由水下噪音預測結果，進一步評估現場所需水下噪音監測系統的位置及數量，透過水下麥克風等監測裝置，獲取水下噪音資料。
｜緩啟動｜
緩啟動是在打樁、震測及聲納探測作業時，為引導鯨豚離開警戒區，先使用較低功率作業，並適當地逐漸增加功率，在緩啟動時，警戒區內的水下噪音值應低於鯨豚永久性聽力損失閾值，以避免傷害鯨豚。
為了讓鯨豚有足夠的時間游離警戒區，緩啟動時間至少須持續30分鐘，如果在警戒區內發現鯨豚或警戒區範圍較大時，則須適時加長。
｜暫停施工或作業｜
當鯨豚觀察員或被動聲學監測到警戒區內有鯨豚出現時，為避免鯨豚受到水下噪音傷害，開發單位應暫停施工或探測作業，並依照評估結果以降低功率方式進行，以減輕其影響，待一段時間過後，建議重新執行鯨豚觀察員作業程序，亦可使用聲學驅離裝置或緩啟動，引導在警戒區內的鯨豚游離，才恢復施工及探測作業。
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